1949 m. rugsėjo 27 d. prasidėjo Marijampolės autotransporto kontoros istorija. Ji įsteigta Vyriausiosios autotransporto valdybos įsakymu Nr. 304. Įmonė įpareigota vežti krovinius ir keleivius, teikti paslaugas įmonėms ir organizacijoms.
Kad turėtų kuo vykdyti veiklą, 1949-09-24 VATV steigiamai Marijampolės ATK perdavė penkis sunkvežimius ZIS-150 ir keturis autobusus GAZ-03-30, kuriuos iki tol eksploatavo Kauno ATK. Pirmųjų Marijampolės ATK autobusų valstybiniai numeriai buvo 24-07; 24-09; 26-05 ir 68-65.
Marijampolės ATK taip pat atiteko ir Marijampolės autobusų stotis bei jos darbuotojai, kurie viršininko įsakymais buvo pervesti dirbti į naujai kuriamą įmonę.
1949 m. Marijampolės ATK baigė turėdama 8 automobilius, iš jų 4 autobusus GAZ-03-30, kuriais pervežė 6,7 tūkst. keleivių.
1949 m. lapkričio 28 d. Vyriausioji automobilių transporto valdyba išleido įsakymą Nr. 386 dėl autobusų eismo traktais Kaunas–Alytus, Kaunas–Marijampolė ir Kaunas–Zarasai pagerinimo.
Nuo gruodžio 1 d. Kauno ATK įpareigota skirti 2 papildomus autobusus maršrutui Kaunas–Marijampolė. 1950 m. Marijampolės ATK baigė turėdama 15 automašinų, iš jų 9 sunkvežimius ir 6 autobusus GAZ-03-30. Per metus pervežta 15,4 tūkst. t krovinių ir 46,5 tūkst. keleivių. Dirbo 46 darbuotojai, iš jų 14 vairuotojų, 7 remonto darbininkai, 7 tarnautojai.
Besidomintiems viešojo transporto istorija Marijampolės autobusų stotyje galima įsigyti knygą „Viešasis transportas Marijampolės krašte.“ Knygos autorius Gintaras Kandrotas.